| 昭和63年04月 |
遺伝子実験施設設置 |
| 平成02年06月 |
バイオシグナル研究センター設置 |
| 平成07年04月 |
内海域機能教育研究センター設置（附属臨海実験所を拡充改組） |
| 平成08年05月 |
都市安全研究センター設置 |
| 平成08年05月 |
アイソトープ総合センター設置 |
| 平成08年09月 |
ベンチャービジネスラボラトリー設置 |
| 平成13年04月 |
遺伝子実験センター設置（遺伝子実験施設を拡充改組） |
| 平成13年04月 |
分子フォトサイエンス研究センター設置 |
| 平成15年10月 |
内海域環境教育研究センター設置（内海域機能教育研究センターの組織改編） |
| 平成16年04月 |
研究基盤センター設置（機器分析センター、アイソトープ総合センター、低温センターを拡充改組） |
| 平成17年10月 |
連携創造本部設置（ベンチャービジネスラボラトリーを拡充改組） |
| 平成19年04月 |
惑星科学研究センター設置（時限付） |
| 平成19年04月 |
自然科学系先端融合研究環の設置に伴い、重点研究部ならびにバイオシグナル研究センター、内海域環境教育研究センター、分子フォトサイエンス研究センター、都市安全研究センターおよび遺伝子実験センターを配置(戦略的重点研究、先端的研究などを推進する組織として) |
| 平成27年10月 |
海洋底探査センター設置 |
| 平成28年04月 |
バイオシグナル総合研究センター設置（バイオシグナル研究センターと遺伝子実験センターを統合） |
| 平成29年01月 |
分子フォトサイエンス研究センター改組 |
| 平成29年12月 |
数理・データサイエンスセンター設置 |